|
課程名稱 |
育種試驗資料分析
Data Analysis for Plant Breeding Experiments |
|
開課學期 |
103-1 |
|
授課對象 |
生物資源暨農學院 作物科學組 |
|
授課教師 |
胡凱康 |
|
課號 |
Agron5013 |
|
課程識別碼 |
621 U5580 |
|
班次 |
|
|
學分 |
3 |
|
全/半年 |
半年 |
|
必/選修 |
選修 |
|
上課時間 |
星期三6,7,8(13:20~16:20) |
|
上課地點 |
農藝304 |
|
備註 |
與彭雲明、蔡政安、董致韡合開
總人數上限：20人 |
|
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1031Agron5013_ |
|
課程簡介影片 |
|
|
核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
|
課程大綱
|
|
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
|
|
課程概述 |
本課程分為以下四個單元：
1. 基本線性代數
2. 基本線性模式
3. 混合型模式
4. 全基因體關聯分析
授課地點在304教室，若時間許可，將在第8節至316電腦教室進行實習操作。 |
|
課程目標 |
有鑑於新型態試驗分析方法的蓬勃發展，重新規劃育種組選修課程「育種試驗資料分析」（課程編號 Agron 5013）。預定的教學對象為育種組碩士班研究生，或有志於進入研究所育種組的大學部高年級學生。教學內容的主軸為基於混合型模式的全基因體關聯分析 (Genome wide association studies)，以及相關的矩陣代數與線型模式等統計基礎，與目前可使用的軟體工具與分析實務 |
|
課程要求 |
建議先修試驗設計及複因子試驗設計 |
|
預期每週課後學習時數 |
|
|
Office Hours |
|
|
指定閱讀 |
待補 |
|
參考書目 |
B. F. J. Manly, 1994. Multivariate Statistical Methods: A Primer. 2nd Ed. Chapman & Hall. |
|
評量方式
(僅供參考) |
|
|
週次 |
日期 |
單元主題 |
|
第1週 |
9/17 |
課程簡介（董致韡、胡凱康） |
|
第2週 |
9/24 |
基本線性代數：矩陣運算（蔡政安） |
|
第3週 |
10/01 |
基本線性代數：矩陣的幾何特性（蔡政安） |
|
第4週 |
10/08 |
親緣關係：Based on Genomic data（蔡政安） |
|
第5週 |
10/15 |
親緣關係：Based on pedigrees（蔡政安） |
|
第6週 |
10/22 |
基本線性模式：數學模式與設計矩陣（彭雲明） |
|
第7週 |
10/29 |
基本線性模式：迴歸與變方分析（彭雲明） |
|
第8週 |
11/05 |
混合型模式：一般試驗設計的混合型模式（彭雲明） |
|
第9週 |
11/12 |
混合型模式：不完全區集（彭雲明） |
|
第10週 |
11/19 |
數量遺傳與混合模式：BLUP（胡凱康） |
|
第11週 |
11/26 |
數量遺傳與混合模式：Henderson's animal model（胡凱康） |
|
第12週 |
12/03 |
數量遺傳與混合模式：變方成分的估計（REML）（彭雲明） |
|
第13週 |
12/10 |
全基因體關聯分析：基本定義與方法（董致韡） |
|
第14週 |
12/17 |
全基因體關聯分析：整合多種因子的分析模式（董致韡） |
|
第15週 |
12/24 |
軟體工具介紹（董致韡） |
|
第16週 |
12/31 |
可用數據介紹（董致韡） |
|
第17週 |
1/07 |
分析實務：分析實務與結果判讀（董致韡） |
|